Bir gün bu lablardan kaçmayı başaran bir Diclonius, insanların arasına karışır. Adı Lucy olan bu Diclonius, kaçarken başına aldığı bir kurşun darbesiyle hafızasını kaybetmiş ve kişiliği bölünmüştür. Sabaha karşı denizi izlemeye gelen iki kuzen Yuka ve Kouta, sadece "nyuu" diyebilen iki boynuzlu çıplak bir kızla karşılaşırlar. Nyuu'yu evlerine götürürler ve onunla yaşarlar. Ama Nyuu'nun hafızası zaman zaman yerine gelir ve o zaman acımasız katil Luy'ye dönüşür.
İnsanlığın yok olmasını engellemek isteyen bilim adamları Lucy'yi öldürmek zorundadırlar. Bunun için önce Nana(7 numara) daha sonra da Mariko (35 numara)yı kullanmalıdırlar.
Evi zamanla Yuka, Mayu ve Nana ile dolan Kouta, zaman içerisinde unuttuğu bazı şeyleri hatırlayacaklardır...